À la MSA, le contrôle interne est essentiel. Celui-ci permet à l'entreprise d'optimiser la gestion de l'ensemble des processus qu'elle a mis en œuvre pour atteindre ses objectifs. Il permet aussi de réduire les erreurs, les accidents et les risques de fraude. Il s'agit d'un véritable système de sécurité, composé d'un ensemble de méthodes, de règles et de procédures définies.

Le contrôle doit reposer sur un environnement interne favorable à la maîtrise des risques. C'est-à-dire un personnel impliqué, des responsabilités correctement définies, des compétences mobilisées et un pilotage clair des activités. En plus, il doit faire l'objet d'une organisation réfléchie et des procédures formalisées. Cette activité requiert une parfaite maîtrise de diffusion des informations, aussi bien en interne qu'en externe. Il s'agit, en effet, de transmettre une information de bonne qualité : exacte, précise et fiable. Mais aussi de bien définir les conditions de communication. Chaque membre de l'entreprise doit être informé sur la mise en œuvre du contrôle interne, ses objectifs et ses modalités. Cela permet à chaque personne d'exercer efficacement ses responsabilités.

Grâce à sa mise en œuvre, la MSA de Franche Comté a l'assurance raisonnable de la maitrise des principaux risques financiers et de sa conformité aux lois et règlements. De ce fait, ce dispositif contribue à préserver globalement notre système de protection sociale en garantissant une bonne utilisation des fonds publics.